NB ! Fondiloendis ei kajastu arhivaalide kolimised Tallinnast Tartusse 2017, s.t. Tallinna fondiloend praegu veel sisaldab nüüdseks Tartusse kolitud fondide (eelkõige EKP organisatsioonid, Siseministeerium, julgeolekuorganid ning ENSV tööstusettevõtted) andmeid. Korrektsete asukohaandmete leidmiseks kasutage palun AISi ais.ra.ee. Tallinnasse vastuvõetavate uute fondide andmed ja olemasolevate fondide muudatused lisatakse jooksvalt.

Fondide struktuuriloetelu aluseks on juba loodetavasti uurijatele tuttavaks saanud Riigiarhiivi teatmike struktuur, mis põhineb eeskätt ajaloolistel perioodidel. 

Kuna paljud ENSV asutused jätkasid tegevust Eesti Vabariigis 1990-ndatel ja nende arhivaalid on Rahvusarhiivis säilitamisel ühtse fondina, siis on nende moodustajate kajastamisel fondiloendis mõned eripärad. ENSV-s ja üleminekuaastail 1991-1992 tegutsenud ning siis tegevuse lõpetanud asutused on peegeldatud vaid ENSV perioodi temaatilistes alljaotustes. ENSV-s ja edasi pikemalt 1990ndatel EV-s tööd jätkanud asutused aga on kirjas mõlema ajaperioodi - nii ENSV 1940-1941, 1944-1990 kui ka Eesti Vabariigi 1991-2021 - süstemaatilistes alljaotustes.

Lisaks kolmele suuremale perioodile (1918-1940; 1940-1941, 1944-1990; 1991-2021) on ajajärgu haldus-, kohtu-, korrakaitse- ja sõjaväeasutuste fonde koondatud ka kolme lühemasse perioodi. 

Fondide järjestus perioodides põhineb kehtinud asutuste struktuuril ja alluvusvahekordadel. Lisaks on omavalitsustest (resp. täitevkomiteedest), teadus- ja õppeasutustest, tööstusettevõtetest ja põllumajandusühistutest loodud eraldi jaotused, kuna nende fondid haaravad sageli mitut perioodi.

Omaette jaotuses on väliseesti organisatsioonid, samuti isikufondid. Kollektsioonidest on eraldi jaotuses vaid osa, paljud kitsama teemaga seotud fondid on paigutatud oma elualale.